Se supone que si haz configurado bien la politica GPO, cuando deshabilitas (NO BORRAS) la misma, deberia restaurar todo a sus ubicaciones originales.
Mas alla de eso y si no te funciona, monta un DFS virtual, habilita la replicacion DFS en ambos servidores y transfiere los datos al virtual, y sino lo puedes hacer mas rapido con robocopy y luego haz una comparacion con total commander y si esta todo bien, habilitas el nuevo target DFS y listo.
Tienes habilitado Offline Folders ?
Espero haber sido lo mas claro posible..