Por defecto, el primer controlador de dominio que promueves, contiene los roles FSMO, en este caso, es posible que estos roles estuvieran en el controlador de dominio que ya no funciona.
Cuando se daña el controlador que tenia todos los Roles FSMO, lo que debes hacer es lo que se llama un Seize de los Roles FSMO, que podría traducirse como crear nuevamente los roles FSMO en nuestro dominio.
A diferencia de una transferencia de roles, que es cuando los dos controladores (Origen y Destino) estan en linea, con un Seize es cuando el Origen ya esta irrecuperable.
Estos son los pasos para regenerar los roles en tu dominio:
Click Start, click Run, digita ntdsutil y clic en OK.
Digita roles, y presiona ENTER.
Digita connections, y presiona ENTER.
Digita connect to server servername, y presiona ENTER, donde servername es el nombre del controlador de dominio al cual quieres transferir los roles FSMO.
En el prompt de server connections, digita q, y presiona ENTER.
Digita seize role, donde role es el rol que quieres transferir. Para una lista de roles que puedes transferir, digita ? en el prompt de fsmo maintenance, y presiona ENTER.
Por ejemplo, para hacer seize del RID master role, digita seize rid master. La única diferencia es para el rol de PDC emulator, cuya sintaxis es, seize pdc, en vez de seize pdc emulator.
En el prompt de fsmo maintenance, digita q, y presiona ENTER. Digita q, luego presiona ENTER para salir de Ntdsutil.
En este momento los roles estrán en el nuevo servidor.
Luego debes eliminar los registros del servidor anterior, esto se conoce como Metadata Cleanup, sigue los pasos del siguiente link según tu versión de sistema operativo:
http://support.microsoft.com/kb/216498/es
Luego, podrás agregar el nuevo servidor al dominio y promoverlo como controlador de dominio adicional usando el mismo nombre del servidor anterior (si así lo quieres).