Amigo Osvaldo,
Hay una actualización crítica de Microsoft, que de hecho ya han retirado, que crea una serie de problemas. Uno de ellos, si no recuerdo mal, es el problema de los chkdsk al inicio de Windows. ¿Tienes antivirus Kaspersky?. He observado que pasa con más frecuencia en máquinas que tienen este antivirus y que además no deja de activar dicho antivirus.
La actualización es KB2823324. Si buscas información sobre este verás que ya lo quitaron de la lista de actualizaciones críticas.
Hay que desinstalar dicha actualización. Después ejecutar CMD con la opción de "ejecutar como administrador" con botón derecho del ratón. Y allí ejecutar el comando CHKNTFS /X C: tal como indicas en tu mensaje.
Si en CMD, el comando introducido no te responde nada, es que no ha funcionado, pero si te devuelve "El tipo del sistema de archivos es NTFS." significa que todo está correcto.
Aún así, esta solución no es la más apropiada y Microsoft debería dar alguna solución rápida.