Hola,
Pregunta.....que haces todavia con controladores en 2000 ? quita eso y haz el upgrade a 2008 R2 nativo.
El upgrade del schemma lo realizaste en el FSMO de windows 2000 ?
adprep32 /Forestprep
adprep32 /Domainprep /GPPrep
Mas alla de eso, asegurate de que el schemma a sido actualizado en todos los controladores, dales 1 hora minino y lo puedes chequear con el comando ASDIEDIT.MSC
Abre el Schemma y clic derecho en el primero folder amarillo y dentro de la pantalla de atributos busca y verifica que el valor de ObjectVersion se establezca en:
31 -> Windows Server 2003 R2
44 -> Windows Server 2008 RTM
47 -> Windows Server 2008 R2
Exitos !