Voy a meter la cuchara :).
Si lo que quieren es tener una infraestructura totalmente independiente en sitio B considero que no necesitas crear 2 dominios, bien puedes tener un servidor que sea DC secundario, DNS secundario, WINS(si es requerido), DHCP y File Server, otro servidor que sea el de correos, ¿internet, ISA Server o Forefront TMG?, En el DC principal pueden crear UOs para separar los usuarios, una OU Sitio A otra OU Sitio B, asi desde el DC secundario tu administras los usuarios del Sitio B y el otro colega desde el DC principal los del Sitio A, juntos pero no revueltos :).
Asi se olvidan de migrar usuarios para aca y para alla, pueden compartir informacion y servicios sin problema, Licencias CALs para Terminal Services etc, etc y pertenecer a un mismo dominio.
Donde yo trabajo es el mismo caso que el tuyo,Sitio A(DC y DNS principal) y Sitio B(DC y DNS secundario), conectados por VPN Site to Site, solo que cada sitio tiene su propia red por ejemplo Sitio A: 10.10.10.0, Sitio B: 10.10.11.0. Cada sitio tiene sus propios servidores y estamos unidos a un solo dominio, de lo unico que dependemos del Sitio A es para el acceso a Internet(cosas de control no por problemas tecnicos de acceso a internet en el Sitio B), lo demas es independiente y compartimos informacion y servicios entre los 2 Sitios sin ningun problema
En mi caso yo administro Sitio B y cuando toca desde el Sitio B administro Sitio A o si toca me conecto remotamente a los servers necesarios de Sitio A y todo funciona muy bien.
Repito creo que no es necesario configurar 2 dominios, siento que mas bien te vas a complicar la vida por que vas a hacer una configuracion que es innecesaria, no que no se pueda hacer si no que no lo necesitas hacer, a no ser que de verdad no deban/quieran pertenecer al mismo dominio y no deban/quieran compartir informacion entre ambos sitios.
Espero haber ayudado un poco y no haberte confundido :), luego nos cuentas y en lo que podamos te ayudamos
Entiendo el punto dirck puede que alguna parte no lo plantie de la mejor forma, en el trabajo el caso era igual, 2 empresas por separado y con infraestructura independientes aunque formaran parte del mismo dominio(ahora estan fusionadas y es una sola empresa), por eso plantie la solucion que escribí arriba a ver si esa podria ser una opcion, Si la necesidad definitiva es que se separan y quieren tener todo totalmente independiente y no verse las caras seria implementacion desde cero y dominios diferentes.
Entendido colega, retiro lo dicho de "no es necesario configurar 2 dominios" y lo de " realizar una configuracion innecesaria" por que si es necesario, suerte con la implementacion.
Saludos