Te recomiendo hacerlo con exchange 2010 SP2 directamente:
Aqui te paso la guia que yo utilizo,
http://milindn.files.wordpress.com/2010/01/rapid-transition-guide-from-exchange-2003-to-exchange-2010.pdf
Tengo que buscar un txt que tengo con 5 u 8 pasos y scripts que te simplifican la vida. Si los encuentro y me pasas una direccion de email, con gusto lo comparto contigo.
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Aqui lo encontré
En windows 2008 SP2 chequear pre-requisitos de Exchange 2010 SP1
http://technet.microsoft.com/en-us/library/bb691354.aspx
1 - Instalar Windows 2008 R2 Service Pack 1
2 - Instalar FilterPacks 2010 (
http://www.microsoft.com/download/en/details.aspx?id=17062 )
3 - Iniciar Windows Powershell Modules:
Set-ExecutionPolicy “Unrestricted”
4 - Correr script "Windows2008R2-OS-Exch2010PreReqs.ps1" Opcion 2 (Todos los roles) (lo puedes buscar en internet)
Aclaracion: El server se reinicia 2 Veces
5 - Iniciar Windows Powershell Modules:
Set-Service NetTcpPortSharing -StartupType Automatic
6 - Deshabilitar IPv6:
HKLM\System\CurrenControlset\Services\Tcpip6\Parameters
Crear valor DWORD (32 bits)
Nombre: DisabledComponents
Valor Hexadecimal: 0xffffffff
7 - Reiniciar
8 - Instalar Exchange 2010
9 - Instalar Telent Client y WinRM IIS Extension
10 - Instalar Exchange 2010 SP1
saludos.