Existe varios factores por el cual podria estar lento.
1) La programacion para obtener datos de la BD, es diferente entre cada programador asi esten desarrollando en el mismo lenguaje de programacion. Dependera de expertise del programador, y si utiliza las mejores practicas para consultas de base de datos.
http://technet.microsoft.com/en-us/sqlserver/bb671430.aspx
2) Utiliza consultas desde la aplicacion o utiliza procedimientos almacenados (SP), existe diferencia en tiempo de respuesta del servidor SQL.
3) Las consultas realizadas o procedimientos almacenados SP, o vistas estan optimizadas, y el where de la consulta corresponden con los indices creados en cada tabla. Realiza alguna conversion de datos a un determinado campo en el where de la consulta, etc
4) Las tablas tienen indices para ayudar en responder rapido a las consultas o SP o Vistas, o la cantidad de indices son muchas por que tambien afecta al rendimiento.
5) etc, etc.
Saludos,