Aunque logres agrupar todas la ventanas en una sola y se acomoden en tabs no solucionaras tu problema ya que Chrome lo que hace es agrupar todo en una sola ventana pero crea un proceso aparte por cada tab, Internet Explorer tambien hace los mismo, considero que deberias de buscar otra solucion, como que los usuarios ejecuten Chrome localmente, no se si es una opcion en tu caso, no entiendo por que los usuarios tienen que conectarse a un servidor para ejecutar Chrome cuando lo pueden hacer localmente, digo yo, es solo un comentario, ya si definitivamente se tiene que ejecutar Chrome remotamente deberias hablar con los usuarios que se conectan remotamente y les hagas ver el problema de saturacion que presenta el serivor, normalmente los usuarios desconocen sobre rendimiento de servidores y ese tipo de conocimiento tecnico que nos toca a nosotros como administradores hacerles entender.
Te dejo una imagen de muestra del administrador de tareas y veas lo que te digo, una ventana de Chrome abierto con varios tabs.