Buenas tardes,
Si los permisos de las carpetas están vinculados a un usuario en particular, no lo veo muy práctico.
Si tenés la carpeta1 y la carpeta2, podrias crear 2 grupos de seguridad: carpeta1 y carpeta2
Luego, haces miembro a los usuarios que quieres que quieren que accedan a la carpeta1 y lo mismo con la carpeta2.
Si un usuario debería acceder a ambas carpetas, lo haces miembro de ambos grupos.
Saludos,