Es perfectamente factible tener tus controladores de dominio virtualizados.
Microsoft recomienda tener como mínimo 2 controladores de dominio y si ambos están virtualizados, estos deben estar en 2 servidores diferentes.
Adicionalmente se recomienda tener un controlador de dominio como mínimo en un servidor físico, esto con el fin de mitigar posibles poblemas con nuestra plataforma de virtualización. Si por algún problema nuestros servidores de virtualización no inician, por lo menos podremos autenticar a los usuarios con el controlador de dominio físico.
También es importante que tengas cuidado con los snapshots de las máqunas virtuales, si restauras un controlador de dominio usando un snapshot anterior puedes provocar algo llamado "USN Rollback".
Esto es debido a que los servicios de Active Directory usan números de actualización de secuencia (USN) para llevar un control de la replicación entre controladores de dominio. Cada vez que se realiza un cambio en Active Directory, este número es incrementado para indicar que se han realizado cambios.
Si restauras un controlador de dominio a un estado anterior mediante un shapshot, puedes dañar la integridad de los datos. Mira el siguiente link:
http://technet.microsoft.com/en-us/library/virtual_active_directory_domain_controller_virtualization_hyperv%28WS.10%29.aspx#usn_and_usn_rollback
En Windows Server 2012, el Active Directory puede darse cuenta que está siendo restaurado de un snapshot y hacer las correcciones necesarias, pero es mejor evitar su uso para los controladores de dominio virtualizados.
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